Im November 1981 zog Karl Rahner von München nach Innsbruck. Ein Grund dafür war unter anderem, daß er sich darüber Gedanken machte, wie sein wissenschaftlicher Nachlaß in einem Jesuitenkolleg mit theologischer Ausbildung so aufbewahrt und erschlossen werden könne, daß er Professoren und Studenten zu Studienzwecken zur Verfügung stehe. Das Jesuitenkolleg Innsbruck bot damals dafür gute Voraussetzungen.
Außerdem war er mit dem Jesuitenkolleg in der Sillgasse vertraut: Im Dezember 1936 war Karl Rahner an der Universität Innsbruck zum Doktor der Theologie promoviert worden und wirkte hier nach seiner Habilitation vom Wintersemester 1937/38 an als Privatdozent für Dogmatik und Dogmengeschichte an der Theologischen Fakultät, die im Juli 1938 von den Nationalsozialisten aufgehoben wurde. Als die neuen Machthaber im Oktober 1939 auch das Jesuitenkolleg beschlagnahmten und alle Jesuiten mit „Gauverbot“ belegten, ging Karl Rahner nach Wien. Erst im August 1948 konnte er nach Innsbruck zurückkehren, wurde 1949 zum ordentlichen Universitätsprofessor ernannt und wirkte hier die längste zusammenhängende Zeit seines Lebens (1948–1963), ehe er 1964 auf den Lehrstuhl für Christliche Philosophie und Weltanschauung in der Nachfolge Romano Guardinis nach München berufen wurde.
Karl Rahners langjähriger Mitarbeiter Adolf Darlap (1924–2007) (1), Professor für Kirchengeschichte an der Innsbrucker Theologischen Fakultät, trug wesentlich dazu bei, daß Karl Rahners Nachlaß nach Innsbruck kam (2). Nach Karl Rahners Tod (1984) wurden seine Arbeitsräume im Jesuitenkolleg zum Archiv umgestaltet.
Im Jahr 1982 vertraglich unter Verantwortung der Gesellschaft Jesu errichtet, war das Karl-Rahner-Archiv – das juristisch immer im Besitz der Oberdeutschen Provinz des Jesuitenordens, der Karl Rahner angehörte, blieb (seit 2021 Deutsche Region der Jesuiten) – zunächst im Jesuitenkolleg Innsbruck untergebracht. Nach seinem Tod zog sich die Österreichische Ordensprovinz als Rechtsträgerin des Kollegs aus dem dafür grundlegenden, noch zu Lebzeiten Karl Rahners geschlossenen Vertrag zurück. In einem Durchführungsvertrag wurde das Archiv durch die Oberdeutsche Provinz SJ als Dauerleihgabe zur wissenschaftlichen Betreuung und Auswertung den damaligen Instituten für Dogmatik und Fundamentaltheologie der Katholisch-Theologischen Fakultät zur Verfügung gestellt.
Die Leitung fiel dem Vorstand des Instituts für Fundamentaltheologie, Univ.-Prof. Dr. Dr. Walter Kern SJ (1922–2007), zu, nach dessen Emeritierung (1989) seinem Nachfolger, Univ.-Prof. Dr. Dr. Karl H. Neufeld SJ (3). Ihnen stand über mehr als zwei Jahrzehnte als Wissenschaftlicher Mitarbeiter Roman A. Siebenrock zur Seite (4). Die finanzielle Ausstattung erfolgte zunächst durch die Karl-Rahner-Stiftung München, seit 1992 durch einen Fonds für Wissenschaftliche Forschung (Wien). Mit der Bestellung von Mag. Dr. Siebenrock zum Ordinarius für Systematische Theologie an der Universität Innsbruck wurde diese Stelle vakant und zunächst nicht nachbesetzt.
Mit der bevorstehenden Emeritierung von Karl H. Neufeld SJ stellte sich für den Jesuitenorden 2006 die Frage einer sachgerechten Nachbesetzung in der Leitung des Archivs. Der Provinzial der Deutschen Provinz der Jesuiten entschied im Spätherbst 2007, die Leopold-Franzens-Universität Innsbruck, die nach mehreren Universitätsorganisationsreformen Rechtsnachfolgerin der seinerzeitigen Institute wie auch der Theologischen Fakultät (die ihre Teilrechtsfähigkeit verloren hatten) geworden war, um eine einvernehmliche Auflösung des Vertrags betreffend die Dauerleihgabe zu bitten, um das Karl-Rahner-Archiv ins Münchener Provinzarchiv transferieren zu können. Während der Übergangsphase war Univ.-Prof. Mag. Dr. Roman A. Siebenrock mit der kommissarischen Leitung betraut. Der Umzug erfolgte im Februar 2008. Zum neuen Leiter ernannte der Provinzial P. Andreas R. Batlogg SJ, ihm folgte 2015 Prof. Dr. Harald Schöndorf SJ nach.
Dieser hat im April 2008 einen Beirat konstituiert, dem Dr. Clemens Brodkorb, der Leiter des Archivs der Deutschen Provinz der Jesuiten angehört. Bis 2013 war auch Hon.-Prof. Dr. Albert Raffelt, stellvertretender Leiter der Universitätsbibliothek Freiburg a. D. und Mitherausgeber der „Sämtlichen Werke“ Karl Rahners, Mitglied.
Von 1985 an wirkte Roman A. Siebenrock, nunmehr Professor für Dogmatik an der Universität Innsbruck, über mehr als zwei Jahrzehnte als Wissenschaftlicher Mitarbeiter im Karl-Rahner-Archiv in Innsbruck. Im Gedenkjahr 2004 veröffentlichte er einen Beitrag über seine dabei gemachten Erfahrungen in den „Stimmen der Zeit“ Spezial 1-2004. - Abdruck nach: A. R. Batlogg - M. E. Michalski (Hrsg.), Begegnungen mit Karl Rahner. Weggefährten erinnern sich. Freiburg 2006, S. 343-358.